اولین مشاهدات درباره این موضوع که بعضی باکتریها دارای خواص سلامت بخش هستند، توسط "الی مچنیکف"، دانشمند روس و برنده جایزه نوبل، بیان شد. او در اوایل قرن بیستم اعلام کرد که این امکان وجود دارد که فلور میکروبی روده اصلاح شود و میکروارگانیسم های مضر با میکروارگانیسم های سودمند جایگزین شوند.

"بیفیدوباکتریوم ها" اولین بار توسط "هنری تیسیر" از بدن نوزادان شیرخوار جداسازی شدند. او در انستیتو پاستور کار می کرد. باکتری جداسازی شده را "باسیلوس بیفیدوس کومونیس" نامگذاری کردند که بعد ها به جنس بیفیدوباکتریوم تغییر نام داد. تیسیر دریافت که بیفیدوباکتریوم ها در فلور روده نوزادان شیرخوار غالب هستند و همچنین او به خواص طبی بیفیدوباکتریوم ها در درمان اسهال پی برد. این اثر ناشی از جانشینی باکتری های پروتئولیتیک بیماریزا با بیفیدوباکتریوم ها بود.

در پی شیوع بیماری شیگلوزیس درسال 1917، "آلفرد نیسل"، پروفسور آلمانی، از مدفوع یک سرباز که تحت تاثیر بیماری قرار نگرفته بود، سوشی از "اشریشیا کلای" جداسازی کرد. در آن زمان که هنوز آنتی بیوتیک ها کشف نشده بودند، روش های درمان بیماری های عفونی از اهمیت بالایی برخوردار بود. نیسل از سوش "اشریشیا کلای نیسل 1917" در درمان سالمنوزیس و شیگلوزیس عفونی دستگاه گوارش استفاده کرد.

در سال 1920، "رتگر" اثبات کرد که "باسیلوس بلغاری" مچنیکف، که بعدها به "لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه بولگاریکوس" نامگذاری شد، قادر به زنده ماندن در روده انسان نیست و بنابراین اثر مثبت غذای تخمیری زیر سوال رفت. تئوری مچنیکف بحث برانگیز شد و مردم به تئوری افزایش طول عمر تردید کردند.

بعد از مرگ مچنیکف در سال 1916، مرکز فعالیتهای تحقیقاتی در این مورد به ایالات متحده منتقل شد و اثبات شد که باکتری های با منشا روده ای به احتمال زیاد اثر مطلوبی در روده می گذارند. در سال 1935 بعضی از سوش های "لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس" کشف شدند که در دستگاه گوارش انسان فعالیت زیادی داشتند. ادامه روند آزمایشات با استفاده از این میکروارگانیسم دنبال شد و نتایج دلگرم کننده ای مخصوصا در تسکین یبوست مزمن بدست آمد.

اصطلاح "پروبیوتیک ها" اولین بار در سال 1953 توسط "کلاث" بیان شد. بر خلاف آنتی بیوتیک ها، پروبیوتیک ها عواملی میکروبی تعریف می شوند که رشد میکروارگانیسم های دیگر را تحریک می کنند. در سال 1989 "ری فولر" تعریفی از پروبیوتیک ها بیان کرد که بطور گسترده ای مورد استفاده قرار گرفت: "مکمل غذایی میکروبی زنده ای که با بهبود توازن میکروبی در روده، اثرات مطلوبی را در میزبان خود ایجاد می نماید". تعریف فولر برلزوم قابلیت زیستی پروبیوتیک ها تاکید کرده و جنبه اثر سلامت بخش روی میزبان را بیان می کند.

در دهه های اخیر، گونه های باکتریایی اسید لاکتیک روده ای که دارای ویژگی های سلامت بخش اثبات شده هستند، بعنوان پروبیوتیک ها معرفی شده اند که از آن جمله می توان به "لاکتوباسیلوس رامنوسوس"، "لاکتوباسیلوس کازئی" و "لاکتوباسیلوس جانسونی ئی" اشاره کرد.